Ο σοβαρότερος κίνδυνος κατάπνιξης της Ελληνικής επανάστασης προήλθε από την επέμβαση του οργανωμένου τακτικού Αιγυπτιακού στρατού υπό τον ικανό και έξυπνο στρατηγό Ιμπραήμ. Με περιπετειώδη τρόπο ο Ιμπραήμ κατάφερε να αποβιβάσει 4000 άνδρες, πυροβολικό και ιππείς στο Νεόκαστρο στις 26 Φεβρουαρίου 1825. Ο στρατός και το ηθικό των Ελλήνων βρίσκονταν στο χειρότερο δυνατό σημείο μετά από δύο σκληρούς εμφυλίους πολέμους, την λεηλασία της Πελοποννήσου από κυβερνητικά Ρουμελιώτικα στρατεύματα και την φυλάκιση σημαντικών οπλαρχηγών (Κολοκοτρώνης, Νικηταράς) και προκρίτων που άνηκαν στους ηττημένους της εμφύλιας διένεξης. Σύντομα ο Ιμπραήμ ενισχύθηκε με νέες αφίξεις στρατευμάτων, αυξάνοντας την δύναμη του σε 17.000 άνδρες.
Μετά την ενίσχυση του, ο Ιμπραήμ δεν καθυστέρησε καθόλου αλλά αντιθέτως με τη ευστροφία και την διορατικότητα του έφερε τους Έλληνες σε δύσκολη θέση. Νίκησε τα Ελληνικά στρατεύματα στην θέση Κρεμμύδια στις 7 Απριλίου, νίκησε τον ηρωικό Παπαφλέσσα στο Μανιάκι στις 19 Μαΐου κι έτσι κατέλαβε όλη την Μεσσηνία που ήταν επαρχία σημαντική λόγω της μεγάλης αγροτικής της παραγωγής, για τον εφοδιασμό των στρατευμάτων. Η κυβέρνηση πανικόβλητη από τις εξελίξεις παρείχε αμνηστία στους φυλακισμένους και όρισε τον Κολοκοτρώνη αρχιστράτηγο όλης της Πελοποννήσου. Ο Κολοκοτρώνης ξεκίνησε να μαζεύει στρατεύματα στο Λεοντάρι, αλλά οι εκκλήσεις του σε όλη την επαναστατημένη Ελλάδα δεν έβρισκαν μεγάλη ανταπόκριση.
Ο Ιμπραήμ για άλλη μια φορά κινήθηκε κεραυνοβόλα, εκστράτευσε και κατέλαβε την Τριπολιτσά και με μια τελική κίνηση εισέβαλε στην Αργολίδα στις 11 Ιουνίου 1826 με κατεύθυνση προς το Ναύπλιο. Ο Κολοκοτρώνης δεν προλάβαινε να επέμβει καθώς βρισκόταν στην Καρύταινα και έτσι η Επανάσταση διέτρεχε θανάσιμο κίνδυνο. Η πτώση του Ναυπλίου ίσως να επέφερε και το σβήσιμο της φωτιάς της Ελληνικής Επανάστασης. Πανικός κατέλαβε το “εκτελεστικό” και τους κατοίκους του Ναυπλίου σε σημείο να δημιουργηθεί πολιτοφυλακή από 2000 ενόπλους από τον Ανδρέα Μεταξά για την τήρηση της τάξης στην πόλη. Σε εκείνη την κρίσιμη στιγμή την υπεράσπιση του Ναυπλίου ανέλαβαν ο Δημήτριος Υψηλάντης ως επικεφαλής και οι Κωνσταντίνος Μαυρομιχάλης και Ιωάννης Μακρυγιάννης. Το βράδυ της 12ης Ιουνίου οι τρεις οπλαρχηγοί κατέλαβαν την οχυρή θέση των Μύλων μπροστά στο Ναύπλιο με 300 άνδρες περίπου. Ανάμεσα τους βρίσκονταν και 100 οπλοφόροι που προέρχονταν από την περιοχή του Ολύμπου.
Η θέση των Μύλων ήταν φύση οχυρή και ήταν αδύνατον να κυκλωθεί αλλά μπορούσε μόνο να καταληφθεί με κατά μέτωπον επίθεση. Επίσης η θέση στους Μύλους ήταν πολύτιμη για το Ναύπλιο καθώς από την τοποθεσία αυτή προερχόταν η ύδρευση της πόλης. Οι υπερασπιστές κατέλαβαν και οχύρωσαν μια σειρά από αποθήκες καθώς και έναν φράχτη που αποτελούσαν μια υποτυπώδη συνεχόμενη γραμμή άμυνας. Αυτόπτης μάρτυρας της πορείας των υπερασπιστών από το Ναύπλιο ήταν ο Γάλλος ναύαρχος Δεριγνύ, που δεν πίστευε στα μάτια του βλέποντας τις κινήσεις των Ελλήνων στην ακτή. Ο ίδιος πλησίασε τον Υψηλάντη και προσπάθησε να τον μεταπείσει, λέγοντας του ότι είναι σκέτη αυτοκτονία να αντιπαρατεθεί με τόσο λίγους άνδρες σε τόσο αδύναμες θέσεις εναντίον ενός ισχυρού οργανωμένου στρατού που διέθετε πυροβολικό και ιππικό. Η απάντηση του Υψηλάντη ήταν Λεωνίδειος “Εδώ ήλθομεν για νικήσωμεν η να αποθάνομεν”.
Οι προφυλακές του Ιμπραήμ βρέθηκαν σε απόσταση βολής από την οχυρωμένη τοποθεσία το πρωί της 13ης Ιουνίου. Ο Αιγυπτιακός στρατός ξεκίνησε να αναπτύσσεται για επίθεση κατά μέτωπο με τον Αιγύπτιο στρατηγό να παρακολουθεί με το τηλεσκόπιο του από ένα κοντινό ύψωμα. Η τοποθεσία όμως ευνοούσε τους αμυνόμενους καθώς οι επιτιθέμενοι δεν μπορούσαν να αναπτύξουν όλες τις δυνάμεις τους λόγω των βάλτων της περιοχής. Έτσι τελικώς στην επίθεση δεν συμμετείχαν παραπάνω από 700 Αιγύπτιοι. Οι Έλληνες αγωνίστηκαν με αυταπάρνηση ενώ λάμβαναν μεγάλη βοήθεια από τα φίλια πυρά των κανονιών των Ελληνικών πλοίων που βομβάρδιζαν τις θέσεις των επιτιθέμενων. Το μεσημέρι όμως οι Αιγύπτιοι κατάφεραν να δημιουργήσουν ένα ρήγμα στον φράχτη από όπου λίγοι Αιγύπτιοι εισχώρησαν δημιουργώντας κίνδυνο κατάρρευσης όλης της Ελληνικής άμυνας.
Στην δύσκολη αυτή στιγμή ο στρατηγός Ιωάννης Μακρυγιάννης με τους οπλοφόρους του και λίγους Φιλέλληνες όρμησε εναντίον όσων είχαν εισχωρήσει με τα σπαθιά και φοβερές πολεμικές κραυγές. Οι εισχωρήσαντες Αιγύπτιοι ανατράπηκαν και οι αμυνόμενοι επισκεύασαν πρόχειρα την τοποθεσία. Στην απεγνωσμένη αυτή επίθεση σκοτώθηκε ένας Φιλέλληνας και τραυματίστηκε ο Μακρυγιάννης στον βραχίονα. Η μάχη συνεχιζόταν άγρια, αλλά οι αμυνόμενοι έλαβαν μια σημαντική ενίσχυση από 200 άνδρες με τους Μήτρο Λιακόπουλο και Κάρπο Παπαδόπουλο που εστάλησαν από το Ναύπλιο. Οι ενισχύσεις ενεπλάκησαν στον αγώνα εξυψώνοντας το ηθικό των αμυνόμενων. Σε μια δεύτερη κρίσιμη στιγμή της μάχης ένας Αιγύπτιος αξιωματικός τραυματίστηκε και οι επιτιθέμενοι βρέθηκαν σε σύγχυση. Τότε οι Έλληνες επιχείρησαν μια τολμηρή αντεπίθεση που επέφερε μεγάλες απώλειες στους Αιγύπτιους που άρχισαν να υποχωρούν.
Η μάχη για το Ναύπλιο είχε κριθεί. Οι Αιγύπτιοι είχαν περίπου 100 νεκρούς και τραυματίες ενώ οι Έλληνες μόλις 4 νεκρούς (ο ένας ήταν Φιλέλλην). Ο Ιμπραήμ επέλεξε να μην συνεχίσει να επιτίθεται κατά των Μύλων, τόσο επειδή οι αμυνόμενοι επέδειξαν αποφασιστικότητα, αλλά κυρίως γιατί η τοποθεσία ήταν ακατάλληλη για να αναπτύξει τα στρατεύματα του λόγω των βάλτων. Ταυτόχρονα υπήρχε και η απειλή από τα πυροβόλα των Ελληνικών πλοίων που υποστήριζαν τις Ελληνικές θέσεις και μπορούσαν να προκαλέσουν ζημιά στον στρατό του. Έτσι ο Ιμπραήμ προτίμησε να υποχωρήσει και να διεξάγει μια σειρά από επιδρομές στα γύρω χωριά της Αργολίδας. Από Ελληνικής πλευράς αναμφίβολα διακρίθηκε ο στρατηγός Ιωάννης Μακρυγιάννης ο οποίος όταν τραυματίστηκε, μεταφέρθηκε στην ναυαρχίδα του Γαλλικού στόλου για περίθαλψη όπου του απέδωσαν τιμές για την διαγωγή του.
Η μεγάλη νίκη στην σύντομη μάχη στους Μύλους του Ναυπλίου ήταν πολύ σημαντική για την Ελληνική πλευρά. Πρώτα απ΄ όλα το Ναύπλιο εξασφαλίστηκε από μελλοντικές επιθέσεις και αποτέλεσε την στέρεη ασφαλή βάση για την εκάστοτε Ελληνική κυβέρνηση στις επικίνδυνες στιγμές που ακολούθησαν. Δεύτερον ηττήθηκε για πρώτη φορά ο Ιμπραήμ επί Ελληνικού εδάφους και αποδείχθηκε ότι εφικτή η καταπολέμηση του. Τρίτον, το “εκτελεστικό” χρησιμοποίησε για πρώτη φορά μετά τους δύο εμφυλίους τον ικανό στρατιωτικό και αγνό πατριώτη Δημήτριο Υψηλάντη, που με την διαγωγή του και την προσωπική γενναιότητα που επέδειξε πρόσφερε μεγάλη υπηρεσία στο αναδυόμενο Ελληνικό Έθνος. Και κάτι τελευταίο που δείχνει κατά την γνώμη μου το την τραγική όψη της Ελληνικής Ιστορίας. Ο Κωνσταντίνος Μαυρομιχάλης που επίσης διακρίθηκε στην μάχη των Μύλων, ήταν ένας από τους δύο δολοφόνους του Καποδίστρια λίγα χρόνια μετά.